Université d’Antananarivo

Résumé

cette étude a consisté à détecter la présence d‟escherichia coli (e. coli) et/ou des gènes de résistance bactériens ctx-m du groupe 1 conférant la résistance aux céphalosporines de 3ème génération directement dans l‟urine, par la technique d‟amplification loop mediated isothermal amplification (lamp e. coli et lamp ctx-m du groupe 1). le protocole de la technique lamp consiste à amplifier le gène cible pendant 60 minutes, à 67°c, dans un simple bain-marie. les produits d‟amplification sont révélés par l‟utilisation du colorant sybr green (sg) i. la spécificité et la sensibilité de la technique ont été étudiées et comparées à celles de la technique pcr. parmi les douze différentes espèces testées, l‟amplification lamp e. coli ne concernait que l‟espèce e. coli. toutefois les amorces empruntées à la littérature amplifient aussi shigella spp., une espèce très proche mais qui ne se retrouve pas dans les urines de patients. le résultat était le même (100% de spécificité) pour l‟amplification lamp pour les gènes de résistance ctx-m du groupe 1 parmi quarante différents gènes de résistance testés (conférant des résistances principalement aux bêtalactamines). la spécificité de la technique d‟amplification lamp dans nos conditions expérimentales in-vitro, avec les amorces choisies, a été évaluée à 100%. la limite de détection de cette technique lamp est de 10-4ng/μl pour un extrait d‟adn, tandis que celle de la pcr est à 10-1ng/μl., elle était de 10-2ng/μl pour une suspension bactérienne et une urine inoculée (correspondant à 102ufc/ml). la technique d‟amplification lamp possédait dans nos conditions une sensibilité de 100 à 1000 fois plus élevée par rapport à celle de la technique d‟amplification par pcr. une série de répétitions de chaque test a été faite afin de pouvoir estimer la répétabilité de la technique lamp. cette technique était répétable à 100%. le test de validation de la technique a été effectué sur des urines des patients, suspectés d‟une infection urinaire (iu) et pour lesquels un examen cytobactériologique urinaire (ecbu) avait été prescrit par leur médecin traitant. les proportions d‟urines positives pour la détection d‟e.coli et des gènes de résistance ctx-m du groupe 1 étaient respectivement de 17,65% et de 15,29%. ces proportions étaient de 5,41% et de 2,70% lorsque la technique d‟amplification par pcr était utilisée. ces résultats confirment la haute sensibilité de la technique d‟amplification lamp par rapport à l‟amplification par pcr. la technique d‟amplification lamp est simple, rapide, spécifique, très sensible et répétable. elle ne nécessite pas d‟appareils sophistiqués. elle répond donc bien aux besoins des pays en voie de développement de disposer de tests de diagnostic rapides et fiables, tant du côté recherche que du côté médical.