Université d’Antananarivo

Résumé

la peste reste un problème de santé publique, particulièrement à madagascar où le nombre de cas de peste humaine est le plus élevé au monde selon l’oms. cependant, la confirmation par isolement bactériologique (méthode de référence) est lente (10 jours minimum) et difficile si l’antibiothérapie a été administrée avant le prélèvement. par contre, loop-mediated isothermal amplification (lamp), une technique d’amplification génique à température constante, est réputée pour sa rapidité, sa sensibilité et sa spécificité. dans cette étude, nous avons mis au point la technique lamp comme test de diagnostic moléculaire de la peste. trois sets d’amorces (set n°1, n°2 et n°3) ciblant le gène caf1 ont été testés. les mises au point ont été effectuées à l’aide d’extraits d’adn de y. pestis puis lamp a été évaluée avec 160 extraits d’adn de prélèvements biologiques humains afin de déterminer la sensibilité et la spécificité de la technique. les résultats ont été visualisés à l’oeil nu après ajout de sybr green i. différentes dilutions de l’extrait d’adn de y. pestis ont été testées pour déterminer le seuil de détection. l’absence de réactions croisées a également été vérifiée en testant 17 extraits d’adn de pathogènes autres que y. pestis avec lamp caf1. le set d’amorces n°2 a été le seul qui a permis de réaliser efficacement des amplifications du gène cible. les réactions lamp avec ce set d’amorces se font à 63°c au bain marie pendant au moins 45 min et en présence d’ion mg2+ et de bétaïne. l’amorce lb1 a permis d’améliorer la sensibilité de lamp tout en diminuant le temps d’amplification à 35 min. suite aux évaluations et en considérant la combinaison « tdra – test bactériologique » comme référence, lamp a une sensibilité de 96,3% contre 90,7% pour la pcr conventionnelle ré-optimisée. pour la spécificité, elle est de 55,7% pour lamp et 78,3% pour la pcr. quand la pcr caf1 est prise comme référence, la sensibilité et la spécificité sont meilleures (97,2% et 67,0% respectivement). les seuils de détection des deux techniques moléculaires sont similaires (3,79 pg/μl) et aucune réaction croisée n’a été mise en évidence. les résultats obtenus lors de cette étude sont encore préliminaires mais ils sont les premiers à montrer le potentiel de détection de y. pestis sur des prélèvements biologiques avec lamp.